La trama gira en torno a un chico en la ciudad de Sorami, llamado Tomoki Sakurai, un estudiante que trata de llevar su vida en paz y sin ninguna preocupación. Tiene un peculiar sueño sobre un ángel de quien afirma estar enamorado y le pide que la rescate del cielo, siempre despierta llorando de este sueño. Su amiga Sohara le dice que vaya a ver a Sugata-Sempai, ya que él se supone sabe muchas cosas, a lo cual Tomoki se niega ya que Sugata tiene fama de ser medio raro; Sugata con sólo escucharlo determina de forma poco coherente que su sueño está relacionado con un extraño agujero negro en el cielo, que cree que puede ser un nuevo mundo, y le promete descubrir cual es esa relación; a lo cual Tomoki no queda muy convencido. Así que un día es invitado por Sugata para ir a la medianoche a presenciar un extraño acontecimiento que se verá en el cielo de su ciudad. Tomoki va solo pensando que asistirían sus compañeros, cuando de pronto observa que algo se acerca, Sugata llama para advertirle que se aleje. Poco después tras una lluvia de objetos parecidos a unos pilares, Tomoki descubre a una chica con aspecto de ángel (Ikaros). Tras asimilar la situación Tomoki decide huir, pero al ver la magnitud del peligro decide regresar y rescatar a la chica, quien resulta ser un angeloid . La cual según su primera explicación resulta ser un angeloid tipo mascota y que además le concederá cualquier deseo ya que a partir de ese momento Tomoki es el amo del angeloid. Y es allí cuando comienzan las aventuras del pervertido Tomoki, el cual armado con tecnología del cielo decide utilizarla para satisfacer todas sus necesidades psicológicas.
Al no tener la mínima idea de la magnitud del poder de Ikaros termina haciendo desaparecer a todos los seres humanos de la tierra por un deseo erróneo ó malentendido de querer conquistar al mundo. Por lo cual Tomoki cae en la desesperación y le pide a Ikaros que se quede con el para siempre y desea que todo haya sido sólo un sueño, petición que al levantarse al día siguiente se hizo realidad.
Conforme se desarrolla la historia (hablando concretamente del anime) podemos ver como Ikaros comienza por así decirlo "a enamorarse" de Tomoki cosa que para los angeloids es algo nuevo, ya que no conocen el amor. Mientras que Tomoki la sigue viendo como un ser extraño con alas. Pasando algunos capítulos aparece Nymph quien aparece de una forma peculiar ya que un día al levantarse Tomoki la ve sentada viento televisión en su sala, ella no se presenta, ni dice nada al respecto de su aparición y al parecer Ikaros no la conoce, con una actitud muy negativa se refiere a Tomoki como "insecto" comienza a convivir con Tomoki y los demás gracias a un viaje a la playa que ganan Sohara y Mikako. Después por una visita que decidieron hacer Ikaros y Nymph a la escuela de Tomoki donde utilizan una tarjeta para ser transferidas a la escuela como alumnas regulares, acto defendido por Mikako y Sugata ya que le plantean a Tomoki la necesidad de que Ikaros y Nymph se adapten mejor al mundo humano y aprendan a comportarse correctamente, Sohara intenta ser su guía, pero se ve derrotada al darse cuenta que no necesitan de su ayuda para aprender, durante este suceso Ikaros suplanta a un maestro durante una clase en la cual convence a Tomoki de intentar volar por el cielo ya que según ella todas las personas tienen alas que nadie puede ver y que además Tomoki tenía las alas más grandes de entre todos, con el apoyo de todos sus compañeros Tomoki lo intenta llevándose unas cuantas fracturas a su casa. Al parecer Nymph tiene la misión de recuperar a la reina urano (Ikaros) (Nota: en el cielo (Synapse) se refieren a Ikaros como "la reina urano" por un artefacto que guarda tras ella como en otra dimensión.) Nymph tras un par de ataques hacia Ikaros, le devuelve sus recuerdos debido a que tenían una protección y quería que recordará quién era realmente, pero accidentalmente le quita las demás protecciones, (emocionales, etc.) y la "reina urano" despierta completamente. Aquí se descubre que Ikaros no es un angeloid tipo mascota como había dicho al principio si no de tácticas de ataque. Nymph incapaz de hacerle frente a Ikaros se retira, mientras que Ikaros sufre ya que en realidad ella es un "Arma de destrucción masiva" y a Tomoki no le gusta la guerra y mucho menos los seres que la propician.
El amo de Nymph le da otra oportunidad para cumplir su misión de recuperar o destruir a la reina de urano pero le pone un límite de tiempo colocándole una bomba en el collar, Nymph al encariñarse con Tomoki e Ikaros decide no cumplir con su misión y morir sola en un lugar alejado, a lo cual sus amigos acuden a rescatarla rompiendo sus cadenas y quedando así libre de su anterior amo. Ahora Tomoki tiene 2 angeloids viviendo con él. Ikaros ahora consciente de si misma decide buscar la forma de parecer más humana y al escuchar un comentario de que todos los humanos mienten decide ponerse a mentir a todos. Propiciando un malestar a sus amigos. Al resolverse esta situación Ikaros toma su primera decisión, después de darle un beso a Tomoki le dice "Quiero estar contigo ahora y para siempre" lo cual conmociona un poco a Tomoki quien termina exaltado y nervioso.
En la OVA que es la parte de la trama entre la primera y la segunda temporada, vemos a Nymph tratándose de acostumbrar a no tener amo y busca desesperadamente que Tomoki le dé órdenes quien decide no hacerlo, ya que no le gusta la idea de tenerla como esclava o algo parecido Tomoki desea que sea libre y tome sus propias decisiones en su vida. Por lo que Nymph comienza a sentir cierta envidia a Ikaros ya que Tomoki le pide muchas cosas a ella. Por lo tanto Nymph comienza a ayudar a Ikaros en las tareas que le da Tomoki.
Para la segunda temporada tenemos la aparición de una nueva angeloid Astraea quien ahora tiene como objetivo destruir a Tomoki, que a pesar de todos sus recursos como guerrera Angeloid, para nuestra sorpresa resulta no ser muy eficiente en su tarea. Por lo cual ni Nymph ni Ikaros la toman como una amenaza real.
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